Профилактикалық іс-шаралар мен фармакотерапияда аурулардың дамуына генетикалық бейімділікті және препараттардың тиімділігін пайдалану мақсатында Қазақстан Республикасының клиникалық практикасына өзгерістер енгізу жөнінде ұсынымдар әзірлеу

Өзектілігі Бүгінгі таңда ClinVar (NIH), hgmd (Institute of Medical Genetics, Cardiff) және т.б. сияқты генетикалық деректер базасы, сондай-ақ көптеген жарияланымдар аурудың дамуымен байланысты басқа этностарда (еуропалықтар, Қиыр Шығыс халықтары және т. б.) дәлелденген болжамды полиморфизмдерге қатысты ақпаратты қамтиды. Сонымен бірге, жоғарыда аталған нәтижелерді Қазақстан Республикасының клиникалық практикасына енгізу үшін қазақ этносы тұлғаларында гендердің полиморфизмдерінің деректерін валидациялау қажеттілігі туындайды, яғни. таңдап алынған полиморфизмдердің бар немесе жоқ екендігін және дәл осы қазақ этносының тұлғаларынан аурулармен байланыс күшін анықтау. Бұдан басқа, осы кіші тапсырма шеңберінде әрбір нозология бойынша шамамен 2,5 млн.полиморфизмді генотиптеу жоспарланғанын ескере отырып, аурулардың дамуына бейімділіктің жаңа маңызды полиморфизмдерін табу ықтималдығы туындайды. Нәтижесінде қазақ этносының тұлғаларында жоғары болжамдық және тиісінше клиникалық маңызы бар гендердің полиморфизмдері анықталатын не валидацияланатын болады. Осы кіші тапсырманың енгізу кезеңі зерделенген аурулардың дамуына генетикалық бейімділікті анықтау рәсімін сипаттайтын, сондай-ақ генетикалық бейімділігі анықталған адамдарды жүргізу рәсімін сипаттайтын Қазақстан Республикасының клиникалық хаттамаларына ұсынымдар мен толықтырулар әзірлеуден тұрады. Мысалы, егер асқазан қатерлі ісігі бар науқас келіп түссе, науқасқа Птр талдауы тағайындалады және полиморфизмдер анықталған жағдайда, асқазан қатерлі ісігінің дамуындағы маңыздылығы бағдарламада дәлелденді (яғни. клиникалық хаттамаларға енгізілген), пациенттің барлық жақын туыстарына (ата-аналары, туған аға-інілері мен апа-сіңлілері, балалары) пациентте табылған мутациялардың бар-жоғына тестілеуден өту ұйғарылатын болады. Егер олар анықталса, жақын туысына оның қаупі жоғары екендігі және оған асқазан қатерлі ісігінің алдын-алу бойынша ұсыныстар беріледі. Сонымен қатар, өзіңіз білетіндей, аурудың пайда болу қаупі туралы хабардар болу әрқашан барлық рецепттердің сақталуына кепілдік бермейді. Осыған байланысты бейімділігі анықталған туыс тәуекел тобына енгізілетін болады, одан скринингтен міндетті өту үшін адамдардың тізімі қалыптастырылатын болады, оның өтуін бақылау перспективада және ЭЫДҰ елдерінің тәжірибесі бойынша скринингті елемеген жағдайда міндетті медициналық сақтандыру қорының пайдасына жалақыдан аударымдар мөлшерін арттыру есебінен жүзеге асырылатын болады. Ресей этносының адамдары үшін клиникалық хаттамаларға енгізу үшін клиникалық маңызды полиморфизмдер Ресей Федерациясында жүргізілген көптеген генетикалық зерттеулердің жарияланымдары бойынша таңдалады. Бұдан басқа, шығыс славян этностарының өте жоғары генетикалық ұқсастығына байланысты алынған нәтижелерді Қазақстан Республикасы халқының 90% - дан астамын қамти отырып, украин және Беларусь этностарының тұлғаларына экстраполяциялауға болады. Осы зерттеудің мақсаты Қазақ популяциясындағы маңызды аурулардың 12 түрінің дамуына бейім генетикалық факторларды зерттеу. Зерттеу міндеттері 1. Қосу және алып тастау критерийлерін әзірлеу. 2. Анамнезінде маңызды нозологияның 12 түрі бар ұлты қазақ адамдардан биоматериалды (қан үлгілерін) жинау 3. Анамнезінде маңызды нозологиялардың 12 түрі бар адамдардың және бақылау топтарындағы адамдардың ДНҚ тығыздығы жоғары чиптерде генотиптеу. Зерттеу дизайны зерттеуге қазақ ұлтының өкілдері (үшінші ұрпақта) (әкесі мен анасы жағынан ата-әжесі) қатысады. Зерттеу көлемі: жалпы популяцияда (GWAS) 1% - дан астам кездесу жиілігімен 2,5 млн.полиморфизм. Нозологиялар тізімі және іріктеу көлемі: • сүт безі обыры (1200 науқас); • артериялық гипертензия (1200 науқас); • Эпилепсия (600 науқас және 300 бақылау); • преэклампсия кезінде ми қан айналымының жіті бұзылуы (100 науқас және 100 бақылау); • Шизофрения (1200 науқас); * бауыр циррозы (1000 науқас және бақылау); • Бронх демікпесі (300 науқас және 300 бақылау); • миокард инфарктісі (1200 науқас); • Б-балалардағы желілік лимфома және лейкоз (200 науқас және 200 бақылау); • атопиялық дерматит (900 науқас); • идиопатиялық гонартроз (300 науқас және 300 бақылау); • Идеопатиялық сколиоз (200 науқас және 200 бақылау); • Covid-19-мен ауырған адамдар (1200 науқас); • популяциялық бақылау 3000. Зерттеу әдістері: * жоғары тығыздықтағы Чиптерде генотиптеу (iscan System жоғары тығыздықтағы биохиптер сканері, illumina); * Нақты уақыт режимінде ПТР көмегімен орташа тығыздықтағы генотиптеу; * Бионформатикалық талдау. Зерттеудің тең орындаушылары: атындағы ҚазҰМУ КЕАҚ. Ақ," Акушерлік, гинекология және перинатология ғылыми орталығы "АҚ," Қазақ онкология және радиология ғылыми-зерттеу институты "АҚ," Қазақстан Республикасы Президенті Іс Басқармасы Медициналық орталығының ауруханасы "РМК," Кардиология және ішкі аурулар ғылыми-зерттеу институты "АҚ," Ұлттық ғылыми кардиохирургия орталығы "АҚ, ҚР ДСМ" Республикалық психикалық денсаулық ғылыми-практикалық орталығы "ШЖҚ РМК," Ұлттық хирургия ғылыми орталығы " АҚ. А. Н. "Педиатрия және балалар хирургиясы ғылыми орталығы" АҚ , ҚР ДСМ "Ұлттық фтизиопульмонология ғылыми орталығы" ШЖҚ РМК, ҚР ДСМ "Травматология және ортопедия ғылыми-зерттеу институты" РМК, ҚР ДСМ "Трансфузиология ғылыми-өндірістік орталығы" ШЖҚ РМК. Сурет 1-GWAS зерттеу үшін дәйекті қадамдар шолу

Өзектілігі Осы кіші тапсырма шеңберінде фармакогенетикалық зерттеулер бойынша жарияланымдарға, сондай-ақ жанама әсерлерді игерудің тиімділігі мен дамуымен сенімді дәлелденген генетикалық ассоциациялары бар дәрілік заттарды іріктеу мақсатында PharmGKB (NIH) фармакогенетикалық базасына шолу жүргізілетін болады. Іріктеудің екінші критерийі дұрыс дәрілік затты және оның дозасын уақтылы таңдау қажеттілігінің өзектілігі болып табылады. Содан кейін таңдалған препараттардың ассимиляция тиімділігі мен жанама әсерлерін дамытумен байланысты полиморфизмдердің пайда болу жиілігіне статистикалық талдау жасалады. Алынған нәтижелер негізінде дәрілік заттарды қабылдау кезінде фармакогенетикалық ерекшеліктерді, яғни препараттардың тиімділігіне генетикалық бейімділікті және оларды дәрігер тағайындағанға дейін жанама әсерлерді дамытуды анықтау рәсімін сипаттайтын Қазақстан Республикасының клиникалық хаттамаларына өзгерістер енгізу жөніндегі ұсынымдар әзірленетін болады. Мысалы, егер операциядан кейін науқасқа фармакогенетикалық ерекшеліктері бар антикоагулянтты тағайындау жоспарланса, онда пациент алдын-ала ПТР зерттеуінен өтеді, оның нәтижелері бойынша препараттың жеке дозасын есептеу жүргізіледі. Өте жоғары сіңімділікке немесе елеулі жанама әсерлердің дамуына генетикалық бейімділік анықталған жағдайда пациентке басқа препарат тағайындалады. Осылайша, мысалы, операциядан кейінгі кезеңде тромбоздың пайда болу қаупі бірнеше есе азаяды. Тағы бір жарқын мысал – антиконвульсанттар. Қажетті препараттарды уақтылы таңдау эпилептиктердің балалары үшін өте маңызды, өйткені әр шабуылда оның ақыл-ой белсенділігінің тозуы орын алады, нәтижесінде ол қайтымсыз мүгедектікке әкеледі. Дұрыс антипсихотиканы уақтылы таңдау психикалық бұзылыстың агрессивті немесе өте десоциализацияланған түрінде десоциализация мен ауруханаға жатқызудың алдын алады. Қазақстан Республикасында психикалық аурулары бар науқастардың 50% - дан астамы дәл осындай топқа жатады. Трансплантациядан кейін тиімді иммуносупрессивті терапияның генетикалық болжаушыларын уақтылы сәйкестендіру цитостатиктердің тағайындалуын дараландыруға және бас тарту қаупін азайтуға мүмкіндік береді, осылайша пациенттің өмірін сақтайды. Жалпы, жеке фармакотерапия онкологияда өте маңызды, өйткені бүгінде қымбат онкологиялық препараттар (1-3 млн. теңге) Қазақстан Республикасында соқыр тағайындалады, соның нәтижесінде ел бюджеті зардап шегеді, ал ең бастысы, осы нақты пациент үшін тиімді препаратты уақтылы таңдаған жағдайда құтқаруға болатын адамдар қайтыс болады. Бұдан басқа, осы міндеттің тағы бір маңызды нәтижесі қазақстандықтардың препараттарға статистикалық дәлелденген генетикалық бейімділігін ескере отырып, мемлекет сатып алатын дәрілік заттардың түрлері мен көлемдерін қайта қарау болады. Фармакогенетикалық зерттеулердің перспективалары Бүгінгі таңда әлемдік ғылыми қоғамдастықтың бірнеше фармакогеномдық бірлестіктері құрылды, олардың мақсаты дәрілік реакцияның нәтижелерін бағалауға бағытталған, мысалы: - PharmGKB - бұл фармакогеномика туралы білім қоры, оған клиникалық ақпарат, оның ішінде "гендер-дәрі-дәрмектер" қауымдастығының клиникалық нұсқаулықтары және "генотип-фенотип"байланысы кіреді. PharmGKB адамның генетикалық вариацияларының дәрілік тиімділікке әсері туралы ақпаратты жинайды, сақтайды және таратады осы міндет шеңберінде халықаралық қатысумен ынтымақтастық: - генетикалық нұсқаларды әзірлеуге және геномның, дәрілік препарат пен аурудың арасындағы өзара байланысты анықтауға (әдебиетті шолудың көмегімен) мүмкіндік береді. - Маңызды фармакогеномды SNP - ді жалпылау, сонымен қатар олардың генетикалық нұсқалары мен дәрі-дәрмектер арасындағы байланысын зерттеу-фармакогеномикаға негізделген дәрі-дәрмектерді мөлшерлеу бойынша нұсқаулықтарды жазып, жазуға қатысу-фармакогеномаға негізделген дәрі-дәрмектерді мөлшерлеу бойынша нұсқаулықтарды жариялау осылайша, толық геномдық ассоциативті зерттеулер (GWAS) адам генін картаға түсірудің негізгі құралдарының бірі болды, сонымен қатар олардың фармакогеномиялық зерттеулердегі әлеуетін көрсетті. Зерттеу дизайнына және қол жетімді іріктеу өлшемдеріне қатысты практикалық нұсқаулықтар Жалпы генетика үшін қолданылатын дәстүрлі репликация когорттарынан тыс шығармашылық репликация әдістерінің қажеттілігін көрсетеді. Осы зерттеудің мақсаты Фармакотерапияда дәрілік заттардың тиімділігі мен жанама әсерлерін дамытуға генетикалық бейімділікті пайдалану мақсатында Қазақстан Республикасының клиникалық практикасына өзгерістер енгізу жөнінде ұсынымдар әзірлеу. Зерттеу міндеттері * тиімділігі мен жанама әсерлерін дамытуға генетикалық бейімділігі бар препараттарды таңдау. * Тиімділік пен жанама әсерлердің дамуына аномальды бейімділікпен байланысты полиморфизмдердің таралуын статистикалық талдау Зерттеу дизайны Іріктеме көлемі: келесі нозоологиялар бойынша үшінші буындағы қазақ этносының тұлғалары: Нозология Негіздері. жауап тобы. талдау үшін ұйымдастыру 1. Сүт безі обыры 700 ҚазОРҒЗИ 2. Артериялық гипертензия 400 ҰҒКО 400 3. Эпилепсия 600 МУА 4. Шизофрения 700 РНПЦПЗ 5. Миокард инфарктісі 500 НИИКВБ 300 6. Атопиялық дерматит 600 ҚазҰМУ 7. Covid-2019 600 ҚазҰМУ-мен ауырған адамдар Зерттеу орындаушысы: ҚазҰМУ им.С. Д. Асфендияров Атындағы

Өзектілігі Көптеген дәрілерге көнбейтін туберкулездің (КДК-ТБ) бастапқы деңгейі бар Қазақстан – 24,6% 1990 жылдары үлкен дамуы мен таралуы қалыптасқан, КДК ТБ жоғары ауыртпалығы бар 27 елдің ішінде екінші орында тұр. ДДҰ ұсынымдарына сәйкес КДК ТБ емінің ұзақтығы кемінде 20 ай және одан астам уақытты құрайды, екінші қатардағы неғұрлым қымбат және нашар төзімді препараттарды қолдануды талап етеді, ал емдеудегі жетістік әлем бойынша орта есеппен 55% - дан аспайды. Бұдан басқа, КДК ТБ терапиясының құны дәріге сезімтал туберкулезді емдеу құнынан 8 есе және одан да көп асып түседі және ұлттық туберкулезге қарсы бағдарламалар тарапынан үлкен ұйымдастырушылық күш-жігерді талап етеді. Сонымен, әлемнің әртүрлі аймақтарында mlu TB емдеу құны стандартты терапия курсы үшін 3000-нан 10,000 долларға дейін өзгереді. Бүгінгі таңда әлемнің көптеген елдерінде mlu TB емдеу денсаулық сақтаудың маңызды мәселесі болып табылады. КДТ ТБ-ны тиісінше емдемегенде немесе бастапқы жұқтыру кезінде кең және кең дәріге төзімді туберкулез (Дат ТБ) деп аталатын туберкулездің неғұрлым ауыр түрі дамиды. Дат ТБ оларды дұрыс және тиісінше пайдаланбаған, препараттарды қабылдауды өткізіп алған кезде резервтік қатардағы препараттармен КДТ ТБ емдеу кезінде дамуы мүмкін. Осыған байланысты, әрекет етуші препараттардың қажетті тізбесінің болмауына байланысты Дат ТБ емдеу мүмкіндіктері бүгінгі күні өте шектеулі – екінші қатардағы қолжетімді препараттармен емдеу тиімділігі 30% - дан аспайды. Дат ТБ бар пациенттер арасындағы өлім-жітім деңгейі бүгінгі күні диагноз қойылғаннан кейін екі жыл ішінде 70% - дан асады, сонымен қатар мұндай пациенттер айналасындағылар үшін елеулі қауіп төндіреді. Қазақстанда да жылдан жылға кең дәрілік тұрақтылығы бар туберкулездің тіркелетін жағдайларының саны өсуде. Бүгінгі күні Дат ТБ-ның 550-ден астам жағдайы тіркелген, тіркелген КДТ ТБ-ның тағы 10% - ында (6998 науқас) Дат тб бар, яғни фторхинолондарға немесе екінші қатардағы инъекциялық препараттарға резистенттілік бар. Тиісті ем болмаған жағдайда Дат ТБ-мен ауыратын науқастардың болжамды саны 2020 жылға қарай елде 2000-нан астам адамды құрайды. Олардан жұқтырған халықтың ішінде жылына 1-2 адам бастапқы АДҚ-мен туберкулезбен ауырады. Бүгінгі DHA TB емдеу режимі рецидивтің жоғары пайызымен тиімді емес (36,8%). Сонымен қатар, емдеудің осы схемасының құны олардың мазмұнын және басқа қызметтерді есептемегенде орташа есеппен 10 мың долларды құрайды. Дәріге төзімді М штаммдарының ауруханаішілік таралу проблемасының болуы. tuberculosis оларды пациенттен пациентке беру арқылы таңдалған емдеу сызбасын тиімсіз етеді, өйткені жаңа штаммның резистенттілік профилі бастапқы бейінге сәйкес келмейді. Бұл жағдайда науқасты емдеу кезеңдерінде оның тұрақтылығын бақылау үшін патогеннің ДНҚ саусақ ізі бойынша Инновациялық жеке тәсілдерді енгізу қажет. Сонымен қатар, жаңа туберкулезге қарсы препараттармен емдеудің жеке схемаларын енгізу преШЛУ мен Дат ТБ-ның өсуі мен таралуын бақылаудың жалғыз шарасы болып табылады. Қазіргі жағдайда туберкулездің зертханалық диагностикасына және дәріге төзімділікке байланысты мәселелер преШЛУ және Дат ТБ туберкулезінің ауыр түрін емдеуде дербестендірілген тәсілдің жаңа әдістемесін әзірлеу үшін ерекше өзекті болып отыр. Диагностиканың қолжетімді сапалы әдістерін ойластырылған қолдану және пациенттерді емдеу схемаларын орынды қалыптастыру ресурстарды ұтымды пайдалануды қамтамасыз етуге мүмкіндік береді. Қазақстанда алғаш рет M. tuberculosis штаммдарын ел аумағында айналымда жүрген пре-ШЛУ және ШЛУ ТБ-мен зерттеу үшін молекулярлық-генетикалық және бактериологиялық әдістердің осындай ауқымды кешенін пайдалануды үйлестіретін жоба ұсынылады. Жоба нәтижесінде туберкулез қоздырғышының кең дәрілік тұрақтылығының табиғатын егжей-тегжейлі зерделеу кезінде микроорганизмдердің ДНҚ дактилоскопиясы әдістерімен қамтамасыз етілген дербестендірілген тәсілді қолдану арқылы алынған клиникалық және генетикалық деректер жиыны жинақталады және талданады. Осы зерттеудің мақсаты Қазақстан Республикасының аумағында пациенттерден бөлінген M. tuberculosis штаммдарын іріктеу үшін фторхиналондар мен аминогликозидтерге төзімділікпен астасқан гендердегі полиморфизмдерге, сондай-ақ осы штаммдардың дәрілік тұрақтылығының фенотиптік және генетикалық белгілерінің айырмашылығы болған жағдайда гендердің таргеттік секвенирленуіне баға беру. Зерттеу міндеттері Фенотиптік және молекулярлық-генетикалық тестілерді пайдалана отырып, клиникалық изоляттардың екінші қатардағы препараттарға дәрілік сезімталдығын айқындау алынған микобактериялық дақылдардан ДНҚ-ны бөліп алу MIRU-VNTR және/немесе сполиготирлеу әдістерімен дәрілік-тұрақты іріктемені жан-жақты молекулярлық-генетикалық типтеуді жүргізу, сондай-ақ популяцияда кең таралған Beijing, LAM және Ural тұқымдастарының штаммдарының субтипингі ДНҚ-ДНҚ будандастыру әдістемелерін анықтау генетикалық полиморфизмдер, Қазақстанда кең таралған M. Tuberculosis генотиптері арасында АДК және АДК болуын негіздейтін дәрілік тұрақтылықтың бактериологиялық және генетикалық тестілерінің нәтижелерін салыстыру және дәрілік орнықтылықтың фенотиптік және генетикалық талдауларының нәтижелерінде айырмашылықтары бар штаммдар үшін нысаналы гендерді секвенирлеу үшін үлгілер іріктемесін қалыптастыру Зерттеу дизайны Іріктеу көлемі: туберкулездің дәріге төзімді нысандары бар пациенттерден бөлінген 1500 микобактериялық дақыл. Зерттеу әдістері: * Левенштейн-Йенсеннің тығыз ортасында бірінші және екінші қатардағы препараттарға дәрілік сезімталдыққа тест жүргізу және егу; * MGIT BACTEFORT -960 автоматтандырылған жүйесін пайдалана отырып, сұйық ортада бірінші қатардағы препараттарға дәрілік сезімталдыққа тест жүргізу; * туберкулез қоздырғышын анықтау және рифампицинге төзімділік үшін GeneXpert (Xpert MTB / RIF) автоматтандырылған жүйесі; • HAIN жүйесінде көптеген дәрілерге көнбейтін туберкулезді және туберкулезді анықтауға арналған lpa (Line Probe Assay) mtbdrplus сызықтық зондтар әдісі; • көптеген дәрілерге көнбейтін туберкулезді және туберкулезді анықтауға арналған Exiprep/Existation автоматтандырылған жүйесі; • микобактериялық дақылдардан ДНҚ-ны бөліп алу және секвенирлеу және генетикалық талдаудың басқа да түрлері үшін үлгілерді сынама дайындау әдістері; • генотиптеу әдістері: MIRU-VNTR, сполиготиплеу және ДНҚ-дактилоскопия негізінде ерекше дәрілік заттарды бір нуклеотидті полиморфизмдер; * Статистикалық және филогенетикалық талдау; • биологиялық чиптерде ДНҚ-ДНҚ будандастыру арқылы бірінші және екінші қатардағы препараттарға дәрілік төзімділікпен байланысты 120 бір нуклеотидті полиморфизмдер панелін талдау; * таргеттік тәсілдің тиімсіздігі жағдайында жеке гендердің таргеттік реттілігі және толық геномдық штаммдар. Зерттеудің тең орындаушысы: ҚР ДСМ "Ұлттық фтизиопульмонология ғылыми орталығы" ШЖҚ РМК